Numeroase organizații internaționale consideră cele două atacuri nucleare crime de război și crime împotriva umanității. Proiectul Manhattan este, potrivit fostului ambasador american la ONU, John Bolton, unul dintre principalele motive pentru care Statele Unite ale Americii nu doresc să fie parte a Statutului de la Roma al Tribunalului Penal Internațional.
Acțiune nejustificată militar
Premierul nipon din perioada aceea, Fumimaro Konoe, declara că, în mod fundamental, principalul motiv care a dus la intenția Japoniei de a capitula a fost reprezentat de intensele bombardamente cu napalm asupra capitalei și a țării. Istoricul Tsuyoshi Hasegawa este de părere că nici bombele atomice și nici bombardamentele invocate de către premier nu au determinat capitularea Japoniei, ci, fără doar și poate, refuzul Uniunii Sovietice de a reînnoi Pactul de Neutralitate Sovieto-Japonez și declarația de intrare în război împotriva Japoniei. Deosebit de interesantă este opinia generalului american Curtis LeMay, comandantul operațiunilor de bombardare cu proiectile incendiare și nucleare a Japoniei din martie 1945 până la sfârșitul războiului: „Presupun că, dacă nu am fi învins, aș fi fost inculpat ca criminal de război“. Controversatul LeMay, printre altele, participase la misiunea Schweinfurt- Regensburg, așa-numita Joia Neagră a aviației, din pricina masivelor pierderi de vieți omenești și aeronave, desfășurată pe 14 octombrie 1943 și îndreptată împotriva uzinelor producătoare de avioane de luptă din Germania. Odată ajuns pe teatrul operațional din Pacific, a înțeles că tactica de bombardament precis la lumina zilei, de un real succes în Europa, aplicată de aliați și în Japonia, nu avea sorți mari de izbândă. Principalele cauze erau condițiile meteorologice, întrucât traiectoria bombelor lansate de la mari altitudini era deviată de puternicii curenți de aer ce străbăteau insula. De asemenea, bombardamentul strategic care devastase complexele industriale ale Germaniei era ineficent aici, unde două treimi din industrie erau dispersate în locuințe și făbricuțe cu mai puțin de treizeci de angajați. Generalul LeMay a trecut la bombardamente incendiare, de la altitudini cuprinse între 1.500 și 2.000 de metri, asupra aglomerărilor urbane din jurul orașelor Tokio, Nagoia, Osaka și Kobe. Dată fiind intensitatea confruntă rilor de pe insula Okinawa, precum și imensitatea arsenalului american dislocat acolo, obiectivul primordial al industriei de război nipone era furnizarea de echipament și tehnică militară forțelor imperiale angajate în acea bătălie. Așa că, în ciuda faptului că aceste atacuri sau bucurat de un succes la început limitat, LeMay era hotărât să utilizeze noua tactică împotriva vulnerabilelor orașe japoneze, pentru a zădărnici aprovizionarea trupelor nipone de pe Okinawa. Au continuat și bombardamentele de la joasă înălțime, pe timp de zi, asupra țintelor strategice. Pentru celebrul bombardament asupra orașului Tokyo din noaptea de 9 spre 10 martie 1945, LeMay a dispus înlăturarea mitralierelor defensive de la bordul a 325 de bombardiere B-29, le-a echipat cu mine incendiare E-46, bombe cu magneziu, fosfor alb și napalm, ordonându-le piloților să zboare în formație la 1.800-3.000 de metri deasupra capitalei nipone. Rezultatul a fost devastator: 100.000 de civili uciși, 250.000 de clădiri distruse și 25 de kilometri pătrați din teritoriul orașului incendiați, toate acestea în mai puțin de trei ore. Echipajele din coada plutonului au declarat că mirosul de carne de om arsă ajungea până în cabinele lor. Inițiată în martie, apoi derulată aproape continuu între jumătatea lunii iunie 1945 și până la finalul războiului, campania a distrus centrele urbane a peste 66 de orașe japoneze, aducând efortul de război al Japoniei la un grad de productivitate aproape nul.
La începutul lunii august, 1945, Japonia era oricum în pragul capitulării, cu armata decapitată și fără resurse pentru continuarea războiului. Germania fusese învinsă și Italia trecuse de partea Aliaților, deci Axa Tripartită încetase și ea să existe. Singurele rezerve ale militarilor niponi rămăseseră shintoismul, bushi-do și calea samuraiului. Dar lumea trebuia să afle că politica izolaționismului militar american din perioada interbelică luase sfârșit și că puterea militară a Unchiului Sam era devastatoare. Pe 8 august 1945, Uniunea Sovietică, din partea căreia Japonia așteptase mediere pentru încheierea păcii, avea să declare război Imperiului Soarelui la două zile de la explozia primei bombe atomice, Little Boy, în Hiroșima, și doar cu o zi înainte de lansarea celei de-a doua, Fat Man, asupra orașului Nagasaki.
Generalii Dwight D. Eisenhower, viitorul președinte al SUA, dar și Douglas Mac-Arthur, comandantul Armatei din Pacific, Carl Spaatz, comandantul Forțelor Strategice Aeriene din Pacific, amiralul William D. Leahy, șeful staffului președintelui Truman și amiralul Chester W. Nimitz, comandantul șef al flotei SUA din Pacific sunt numai câteva dintre personalitățile militare din acea vreme care s-au împotrivit atacurilor nucleare asupra unei Japonii deja înfrânte. Pe 15 august 1945, Japonia a anunțat capitularea sa în fața Puterilor Aliate, semnând Declarația de Capitulare la 2 septembrie 1945, eveniment care a însemnat încetarea oficială a ostilităților Celui de-al Doilea Război Mondial.